Unul dintre cele mai importante aspecte ale revenirii Dobrogei în hotarele României, la data de 14 noiembrie 1878, este faptul că, prin cei 245 km de litoral românesc la Marea Neagră, țara noastră a recăpătat deschiderea la Oceanul Planetar, iar pentru Marina Militară Română a însemnat începutul dezvoltării segmentului maritim, în plus față de structurile fluviale, ale infanteriei marine sau ale aviației navale.
După revenirea Dobrogei la Patria-mamă, dezvoltarea Marinei Militare Române s-a împletit cu destinele românești ale ținutului cuprins între Dunăre și Marea Neagră, parcurgând numeroase programe de dotare și de modernizare, adaptate la noile cerințe de apărare a litoralului maritim și a gurilor Dunării.
Prima navă militară maritimă, intrată în serviciul Marinei Militare Române în anul 1880, a fost canoniera „Grivița”, iar în anul 1881 a intrat în dotare prima navă-școală, botezată „Mircea”, un velier cu două catarge (tip Bric). De altfel, în perioada 1881-1912, au fost aplicate trei programe de dotare cu nave militare maritime și fluviale și au mai intrat în serviciu trei șalupe canoniere, un torpilor de baraj, două torpiloare, șalupe de poliție, un crucișător, trei canoniere și trei torpiloare fluviale, patru monitoare și opt vedete fluviale.
Crucișătorul a fost construit la Newcastle, Marea Britanie, și a fost lansat la apă la data de 13 decembrie 1887, fiind botezat „Elisabeta”. Acesta a efectuat, împreună cu bricul „Mircea”, numeroase marșuri de instrucție în Marea Neagră și în Marea Mediterana, reprezentând România, cu onoare, la diferite serbări nautice ale vremii.
Mai târziu, în anul 1896, Marina Militară Română a suferit o serie de modificări, conform Legii pentru organizarea Flotilei de Război, prin care a fost împărțită în două divizii: Divizia de Mare și Divizia de Dunăre.
Doi ani mai târziu, în anul 1898, prin Legea de organizare a Marinei Militare, denumirea de Flotilă a fost înlocuită cu cea de Marina Militară, Comandamentul Marinei Militare a fost dislocat în garnizoana București, Divizia de Mare avea comandamentul în garnizoana Constanța, iar Divizia de Dunăre era dislocată în garnizoana Galați. Totodată, în premieră națională, gradele ofițerilor de marină au primit denumirile specifice acestei arme. Prin aceeași lege din anul 1898, portul Constanța devenea principala bază navală a navelor maritime de război ale României, iar prin decizia Comandamentului Marinei din anul 1899, Școala de Marină și Școala de Aplicație a Sublocotenenților de Marină au fost mutate de la Galați la Constanța, în noul local de pe strada Traian nr. 53 (actualul sediu al Muzeului Marinei Române) sub denumirea „Școlile Marinei”.
Aceste transformări și reorganizări importante al Marinei Militare Române, care au avut loc la numai 20 de ani de la revenirea Dobrogei la România, au impulsionat dezvoltarea socială și economică a orașului Constanța, dar și a Dobrogei. În plus, la cumpăna dintre secolele XIX și XX, prin eforturile lor, marinarii militari români au așezat România în rândul țărilor cu o tradiție îndelungată în domeniul hidrografiei maritime, prin realizarea primei hărți marine românești, pentru coasta vestică a Mării Negre, care a fost premiată cu medalia de aur la Expoziția universală de la Paris, din anul 1900.
În perioada 1912-1913, Marina Militară Română a participat la cel de-al Doilea Război Balcanic, navele militare ale Diviziei de Dunăre fiind implicate în diferite acțiuni de luptă, care pot fi considerate o avanpremieră pentru Marina Militară Română, ce urma să se confrunte cu situații de mult mai dificile în timpul Primului Război Mondial, în perioada 1916-1918. În prima conflagrație modială, marinarii militari români au îndeplinit misiuni diverse, precum atacul de la 14 august 1916 asupra flotei austro-ungare, în portul dunărean Rusciuk, misiuni de apărare a capului de pod de la Turtucaia și de protecție a retragerii trupelor române din această zonă, precum și susținerea flancului drept al armatei de uscat din Dobrogea, sub focul artileriei germane. Referindu-se la modul în care Marina Militară Română a susținut trupele de uscat, reușind să înainteze sub tirul a șapte baterii grele germane, în amintirile sale, contraamiralul Negrescu spunea că „Zilele de urmărire a flancului stâng al armatei germane din Dobrogea și zilele de la Rasova, vor forma pururea pagini de glorie, pentru mica dar brava și neobosita Flotilă Română”.
În anul 1917, Marina Militară Română, în cooperare cu armata de uscat, a contribuit la apărarea frontului danubian, bombardând cu artileria navelor, bateriile inamice de la Tulcea, dar a depus eforturi semnificative și pentru asigurarea transporturilor fluviale, între Galați și gurile Dunării. În ultimul an de război, în anul 1918, Marina Militară a preluat una dintre cele mai dificile misiuni, respectiv deminarea Dunării și a apelor litorale de pe țărmul românesc al Mării Negre, pentru asigurarea securității navigației. Pentru aceste misiuni, România a cumpărat de la Franța, imediat după război, patru canoniere, pe care le-a botezat cu numele unor eroi marinari căzuți la datorie în Primul Război Mondial, una dintre aceste nave fiind canoniera „Eugen Stihi”, care s-a aflat în serviciul Marinei Militare Române timp de 84 de ani, în perioada 1920-2004.